Em 2012, a UFU foi proibida de ofertar cursos de pós-graduação latu sensu que cobravam mensalidade, devido a irregularidades constatadas pelo Ministério Público. Quem recebia as mensalidades era a FAU (Fundação de Apoio Universitário), mas quem dava as aulas era o próprio corpo docente da instituição pública.
Desde a proibição, a UFU ofertou diversos cursos de pós-graduação gratuitamente. Porém, após um acordo articulado pelo atual reitor da instituição, Valder Steffen, com o Ministério Público, a UFU voltará a oferecer esses cursos com taxas de mensalidades, deixando novamente de ser uma instituição totalmente pública.
Em nota, a ADUFU (Associação dos Docentes da Universidade Federal de Uberlândia), e o SINTET (Sindicato dos Trabalhadores Técnicos-Administrativos em Instituições Federais do Ensino Superior de Uberlândia) afirmam que a decisão foi tomada de forma antidemocrática, além de ferirem o Estatuto da UFU que garante a gratuidade do ensino.
